В июле 2013 года Антимонопольный комитет оштрафовал Государственную администрацию железнодорожного транспорта на 100 млн грн. за злоупотребление монопольным положением. Речь шла о замене стоимости услуг по перевозке зерна на экспорт стоимостью услуг по перевозке на территории Украины.
За дело в АМКУ взялись на основании жалобы компании «Нибулон». Комитет установил, что Госадминистрация железнодорожного транспорта безосновательно обязывала «Нибулон» указывать в перевозочных документах информацию о перевозке грузов из своих подразделений в Николаев как экспортных, так как станция Николаев-Грузовой находится в пределах Украины и перевозки к ней относятся к категории «внутреннего сообщения».
Был еще одно интересное решение в 2016 году, которым Верховный суд Украины удовлетворил иск «Нибулона» к «Укрзализныце» о возмещении ущерба в размере 9,4 млн грн за потерю груза с пшеницей.
